El Doctor Negrín cumple un año desencriptando el Sars-CoV-2

«El Ministerio de Sanidad sacó en enero del año pasado un documento en el que recomendó secuenciar para hacer la vigilancia epidémica de las variantes de Sars-CoV-2 por varios motivos. Por un lado, ver si surgía una variante más transmisible, no controlada por la vacuna, que causara cuadros más graves o indetectable con las pruebas diagnósticas disponibles», explica la jefa del Servicio de Microbiología del hospital grancanario, Ana Bordes.

Tras recibir el apoyo de la Gerencia del hospital y del Servicio Canario de Salud, asumieron el reto de atender el requerimiento del Ministerio. «Conseguimos el equipo en marzo y en abril empezamos a secuenciar», apunta el coordinador del proceso, el microbiólogo Francisco Javier Chamizo.

Desde entonces, el laboratorio de Microbiología del Doctor Negrín ha secuenciado con tecnología de nueva generación unas 3.200 cepas del Sars-CoV-2, a razón de unas 50 por semana.

Las muestras corresponden a pacientes ingresados en el hospital por coronavirus, especialmente los que están más graves, y otra parte a una selección aleatoria de los casos detectados en los centros de Atención Primaria del norte de la isla. «Por nuestra capacidad no podemos abarcar las muestras de otros hospitales», dice Bordes.

Las muestras del área sur de Gran Canaria y del resto del archipiélago las secuencia el hospital de La Candelaria, en Tenerife.

El proceso para descubrir el nombre y los apellidos del virus dura una semana y no es sencillo. En primer lugar, antes de hacer la PCR específica, hay que inactivar las muestras de forma manual en unas cabinas de seguridad para evitar el peligro de diseminación del virus en el laboratorio. «La muestra se abre en las cabinas y se le añade una sustancia para inactivarlas de modo que el virus se convierte en no infectivo», relata Bordes.

Luego, estas muestras se someten a un proceso para extraer los ácidos nucleicos y posteriormente amplificar el genoma viral mediante PCR. «Las primeras PCR se hacían de forma manual. Nos tuvimos que enfrentar a una explosión de muestras para las que ningún laboratorio estaba preparado», recuerda Bordes sobre el inicio de la pandemia. La nueva instrumentación ha facilitado el proceso y han llegado a realizar 1.500 PCR en un día.

Actualmente, con el nuevo sistema de vigilancia, el Servicio de Microbiología del Negrín está analizando entre 200 y 300 muestras diarias con esta técnica.

Una vez identificados los pacientes positivos, y tras la selección de casos, un porcentaje de las muestras serán secuenciadas. El proceso es complejo y consta de varias fases dirigidas a amplificar todo el genoma del virus, proceso que dura unos dos días. Luego, las muestras se unifican en un pool que se analizará en los secuenciadores durante 24 horas.

«Tras la secuenciación, llega la parte del análisis bioinformático de estas secuencias. Es una parte compleja porque se genera muchísima información y tenemos que localizar, en esa maraña de datos, las mutaciones que identifican a las variantes que son las que están circulando», señala Chamizo.

«La PCR va dirigida a amplificar 235 regiones del virus que nos permiten secuenciar más del 99% de su genoma. Al final, tenemos muchos fragmentos que tenemos que ensamblar para construir nuestra secuencia de consenso», explica Chamizo sobre este proceso bioinformático en el que un archivo en formato Fasta recoge el código de los casi 30.000 pares de bases resultantes de la unión de los fragmentos del genoma del virus tras secuenciarlos miles de veces.

«Esta secuencia la enfrentamos a la secuencia conocida del Sars-CoV-2 para analizar las mutaciones y determinar la variante. Habitualmente la comparamos con la cepa inicial que apareció en Wuhan en 2019», añade.

Una vez identificadas las variantes, informan a Salud Pública. «Cuando aparece una alerta de una nueva variante, todos los esfuerzos se dirigen a identificar esa variante nueva», relata Bordes.

Algunas semanas, cuando la incidencia ha sido baja, el Servicio de Microbiología ha llegado a secuenciar casi el 100% de las muestras que manejaban, pero en los picos de las oleadas el porcentaje fue mucho menor.

«Nuestro compromiso es secuenciar entre el 5% y el 10% de lo que circula. Hubo un momento, cuando manejábamos 600 positivos al día, que fue imposible, pero sabíamos qué variantes circulaban en ese momento», subraya la responsable del servicio deseosa de que acabe la pandemia para aplicar la secuenciación masiva a otras cuestiones como la caracterización de la resistencia de las bacterias o la medicina personalizada mediante la metagenómica, por ejemplo, estudiar la flora bacteriana para ver si está asociada a una patología concreta.

«La secuenciación tiene muchas aplicaciones y queda mucho por explorar. Esa ha sido nuestra principal inquietud, poderla introducir para desarrollar todo ese campo que se abre hacia la medicina personalizada», explica la microbióloga.